StupidBeauty
Read times:360Posted at:Sat Mar 26 00:57:36 2011
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Kate dNA新功能预览:比对多个序列,并選中指定區间来寻找串联重复序列

勒次要演示的是一个新功能 ,在勒个功能中可以選择多个序列文件,先对它们进行比对,找出不同点,再依据不同点選择要用来寻找串联重复序列的区间,再寻找串联重复序列。

启动程序。

可以看到 “Sequences”标签跟你上次看到的相比已经发生变化咯。多咯一行,允许你设定要参与比较的序列的個数。默认 值是1.将它变成2试试。用鼠标在那个旋转 框中滚,就可以改变参与比较的序列的個数咯。现在有 2个序列输入框。标题分别是 “Sequence1”“Sequence2”。你可以手动向其中输入序列,也可以单击每个 框右下角的“Load”按钮来从一个序列文件中载入序列,现在只支持DNAStar软件中的“.seq”文件。我们来 載入2个试试哈。已经 載入咯2个序列。

下一步,指定它们要参与比较的区间,指定开始点和结束点。使用鼠标滚动下面的旋转框就行咯 。现在将區间 都設定成[0,1068].區间 設定好咯。

下一步,单击最下方的“查找”按钮。来单击吧。

已经单击咯 ,这个时间程序会以尽可能快的速度将这2个序列的指定區间进行比较,找出全部的不同点,并且列出,由你来選择最终参与寻找串联重复序列的區间 。同样的,在勒个对话框中選择开始点和结束点。本座 選择的是[5,1067].再单击 “OK”。

刚才看到状态栏在不停地变吧 ?这就说明它在快速地计算咯。现在结果应该出来咯。看 “TRF视图”“MREPS视图”2个标签,它们都会显示出2个序列,分别与你在“Sequences”标签中設置的序列对应。在显示方面没有变化 ,还是一个水平的长条。

下面不带字幕 ,完整地演示一遍。

完毕

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  1. 1. 第一部分: 下载第一部分

  2. 2. 第二部分: 下载第二部分

  3. 3. 第三部分: 下载第三部分

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