BioPython教程翻译：1.2  我能从Biopython包中找到什么，1.2  What can I find in the Biopython package

原文地址： http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc3

Biopython 的主要模块拥有很多功能，包括：

• •.能够将生物信息学的文件转换为可由Python 使用的数据结构，包括对以下格式的支持：  

  • •.Blast输出�同时支持本地运行的和在网 页上运行的Blast  

  • •.Clustalw  

  • •.FASTA  

  • •.GenBank  

  • •.PubMed和Medline  

  • •.ExPASy文件，例如Enzyme和 Prosite  

  • •.SCOP， 包括‘dom’和‘lin’文件  

  • •.UniGene  

  • •.SwissProt  

• •.这些被支持的文件里的内容可以一条记录一条记录地遍 历，也可以按索引访问，也可以通过字典接口来访问。  

• •.用来处理流行的生物信息学网站的接口的代码，例如这些网站 ：  

  • •.NCBI � Blast、Entrez和PubMed服务  

  • •.ExPASy � Swiss-Prot和Prosite记录，以及Prosite查询  

• •.对常用生物信息学程序的接口，例如以下程序：  

  • •.来自NCBI 的独立的Blast  

  • •.Clustalw比对程序  

  • •.EMBOSS命令行工具  

• •.一个标准的序列类， 它能处理序列、序列的编号和序列的属性。  

• •.用来在序列上进行常用操作的工具，例如翻译、转录和 权重计算。  

• •.使用k Nearest Neighbors、Naive Bayes 或者Support Vector Machines 来对数据进行分类的代码。  

• •.用来处理比对的代码，包括一个标准的用来创建和处理 替换矩阵的方法。  

• •.用来使得将并行任务分割到独立进程的过程变得简单的 代码。  

• •.基于图形界面的用来进行基本的序列处理、翻译、 BLAST等等操作的程序。  

• •.丰富的关于各个模块的文档和帮助信息，包括这个文件、在线的维基文档、网站和邮件列表。  

• •.与BioSQL 的整合，那是一个同时也被BioPerl 和BioJava 项目支持的序列数据库。  

我们希望这个文档能给予你足够的理由来下载及开始使用Biopython！