BioPython教程翻译：3.10  翻译表，3.10  Translation Tables

本翻译文章来自Kate dNA的勃客： http://stupidbeauty.com/KNA/2011/06/biopython%e6%95%99%e7%a8%8b%e7%bf%bb%e8%af%91%ef%bc%9a3-10-%e7%bf%bb%e8%af%91%e8%a1%a8%ef%bc%8c3-10-translation-tables/ ，英文原文见BioPython文档： http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc26

3.10  翻译表

在上一小节中我们讲咯一下Seq 对象的翻译方法（并且还提到咯Bio.Seq 模块中的等价函数–参见3.14小节）。这些函数在内部使用的是从 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/misc/data/gc.prt 处的 NCBI 信息衍生出来的编码表对象，那些翻译表也可以在 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi 看到 ，并且更易于阅读。

跟以前一样，让我们仅仅关注两个选项：标准 （Standard）翻译表和脊椎动物的线粒体 （Vertebrate Mitochondrial）DNA 的翻译表。

>>> from Bio.Data import CodonTable

>>> standard_table = CodonTable.unambiguous_dna_by_name["Standard"]

>>> mito_table = CodonTable.unambiguous_dna_by_name["Vertebrate Mitochondrial"]

或者，也可以使用编号（ID）来指定翻译表，这两个翻译表的编号分别是1 和2：

>>> from Bio.Data import CodonTable

>>> standard_table = CodonTable.unambiguous_dna_by_id[1]

>>> mito_table = CodonTable.unambiguous_dna_by_id[2]

你可以将它们输出，以便直观地进行比较：

>>> print standard_table

Table 1 Standard, SGC0

  |  T      |  C      |  A      |  G      |

--+---------+---------+---------+---------+--

T | TTT F   | TCT S   | TAT Y   | TGT C   | T

T | TTC F   | TCC S   | TAC Y   | TGC C   | C

T | TTA L   | TCA S   | TAA Stop| TGA Stop| A

T | TTG L(s)| TCG S   | TAG Stop| TGG W   | G

--+---------+---------+---------+---------+--

C | CTT L   | CCT P   | CAT H   | CGT R   | T

C | CTC L   | CCC P   | CAC H   | CGC R   | C

C | CTA L   | CCA P   | CAA Q   | CGA R   | A

C | CTG L(s)| CCG P   | CAG Q   | CGG R   | G

--+---------+---------+---------+---------+--

A | ATT I   | ACT T   | AAT N   | AGT S   | T

A | ATC I   | ACC T   | AAC N   | AGC S   | C

A | ATA I   | ACA T   | AAA K   | AGA R   | A

A | ATG M(s)| ACG T   | AAG K   | AGG R   | G

--+---------+---------+---------+---------+--

G | GTT V   | GCT A   | GAT D   | GGT G   | T

G | GTC V   | GCC A   | GAC D   | GGC G   | C

G | GTA V   | GCA A   | GAA E   | GGA G   | A

G | GTG V   | GCG A   | GAG E   | GGG G   | G

--+---------+---------+---------+---------+--

以及：

>>> print mito_table

Table 2 Vertebrate Mitochondrial, SGC1

  |  T      |  C      |  A      |  G      |

--+---------+---------+---------+---------+--

T | TTT F   | TCT S   | TAT Y   | TGT C   | T

T | TTC F   | TCC S   | TAC Y   | TGC C   | C

T | TTA L   | TCA S   | TAA Stop| TGA W   | A

T | TTG L   | TCG S   | TAG Stop| TGG W   | G

--+---------+---------+---------+---------+--

C | CTT L   | CCT P   | CAT H   | CGT R   | T

C | CTC L   | CCC P   | CAC H   | CGC R   | C

C | CTA L   | CCA P   | CAA Q   | CGA R   | A

C | CTG L   | CCG P   | CAG Q   | CGG R   | G

--+---------+---------+---------+---------+--

A | ATT I(s)| ACT T   | AAT N   | AGT S   | T

A | ATC I(s)| ACC T   | AAC N   | AGC S   | C

A | ATA M(s)| ACA T   | AAA K   | AGA Stop| A

A | ATG M(s)| ACG T   | AAG K   | AGG Stop| G

--+---------+---------+---------+---------+--

G | GTT V   | GCT A   | GAT D   | GGT G   | T

G | GTC V   | GCC A   | GAC D   | GGC G   | C

G | GTA V   | GCA A   | GAA E   | GGA G   | A

G | GTG V(s)| GCG A   | GAG E   | GGG G   | G

--+---------+---------+---------+---------+--

你可能会觉得以下属性很有用–比如说你想尝试进行你自己的基因查找的话：

>>> mito_table.stop_codons

['TAA', 'TAG', 'AGA', 'AGG']

>>> mito_table.start_codons

['ATT', 'ATC', 'ATA', 'ATG', 'GTG']

>>> mito_table.forward_table["ACG"]

'T'