Kate dNA开发进展：使用clustalw2来完成其中的比对任务

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以前是使用一个简单的算法来自己实现比对的 ，效果不好 。在与某生物学砖家交流之后 ，认为应当采用专门的比对工具来进行比对 ，因此选择咯使用clustalw2来进行比对。在运行过程中会调用 clustalw2。

来看演示。

启动程序 。

刚才看到的是主界面 。

下一步操作 ：设置要参与比对的序列的个数。在更改个数之后，会自动生成对应那么多个输入框。改成 8个吧。生成 8个输入框咯，其它的东西也配套生成8个咯。

下一步操作：载入各个序列 。单击序列输入 框右边的“载入”按钮就可以载入对应的序列。载入一个序列咯 。下面载入其余的7个。好咯 ，载入咯8个序列。

下一步操作：单击下面的 “查找”按钮，使程序进行比对 ，并且绘制出进化树 。比对是用 clustalw2进行的，进化树是用PHYLIP中的dnapars计算，使用drawgram绘制的。 clustalw2运行起来比较慢。等待 。比对完毕之后 ，会在每个序列的右边的“StartPosition”“EndPosition”组合框里填入各个“变异”位点的位置列表，供你选择在最终计算串联重复序列的时候要使用整个序列中的哪一部分来计算 。哦 ，已经比对完咯，组合框里面也填充咯内容，可以用鼠标点击选择已有的变异位点的位置，也可以自己指定某个特定位置。对每个组合 框的位点的选择，只会影响到对应的序列的串联重复序列的计算。目前在选择过程中不提供视觉反馈， 等有时间咯会提供视觉反馈的。

对咯 ，这个时候进化树已经绘制出来咯，可以先看看进化树，把串联重复序列的事放一边。

切换到 DnaPars标签页。

这是 drawgram程序画的进化树，线条比较粗糙。 等有时间咯会自己写代码来画一个更精细的进化树的。

继续看串联重复序列的事 。

选好咯要参与串联重复序列的计算的起止位置之后 ，单击右下角的“Position Choosing OK”（还没来得及翻译成简体中文哈）按钮。再来一次漫长的等待。

看到状态栏咯吧 ？这个时候正在调用 TandemRepeatsFinder和Mreps来计算串联重复序列。针对每个序列都会调用一次。所以你会看到一下子是“……完成”一下子又是“正在启动……”。这是正常的。

有结果咯 。 Trf视图和Mreps视图中都有8个串联重复序列图，分别对应着“Sequences”标签页中的8个序列。

完咯 。

演示视频可在这里下载 ： http://www.filesonic.com/file/1068625494