Clustalw帮助文档翻译

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clustalw版本：2.1

bash-4.1# clustalw2 -help

 CLUSTAL 2.1多序列比对

                数据(序列)

-INFILE=file.ext                             :输入序列。

-PROFILE1=file.ext  和  -PROFILE2=file.ext  :配置文件（profiles） (老式比对)。

                动作(做事情)

-OPTIONS            :列出命令行参数

-HELP  或 -CHECK    :概要说明命令行参数。

-FULLHELP           :输出完整的帮助内容。

-ALIGN              :进行完全的多序列比对。

-TREE               :计算NJ 树。

-PIM                :（在计算树时）输出百分比一致矩阵

-BOOTSTRAP(=n)      :引导一个NJ 树（n= 引导次数；默认= 1000）。

-CONVERT            :将输入的序列输出到另一种文件格式中。

                参数(设置一些东西)

***全局设置：****

-INTERACTIVE :读入命令行参数，再进入普通的交互菜单

-QUICKTREE   :在计算比对导向树时使用快速算法

-TYPE=       :蛋白质（PROTEIN）还是DNA 序列

-NEGATIVE    :在蛋白质比对中，矩阵里使用负值

-OUTFILE=    :序列比对文件名

-OUTPUT=     :CLUSTAL(默认)、GCG、GDE、PHYLIP、PIR、NEXUS和FASTA

-OUTORDER=   :输入（INPUT）或比对后的（ALIGNED）

-CASE        :小写（LOWER）或大写（UPPER） （只适用于GDE 输出）

-SEQNOS=     :关（OFF）或开（ON） （只适用于Clustal 输出）

-SEQNO_RANGE=:关（OFF）或开（ON） （新东西：适用于所有输出格式）

-RANGE=m,n   :要输出的序列范围，从m 到m+n

-MAXSEQLEN=n :允许的输入序列长度的最大值

-QUIET       :将终端输出减少到最少

-STATS=      :将某些比对统计信息记录到文件中

***快速的2序列比对：***

-KTUPLE=n    :字长

-TOPDIAGS=n  :最佳诊断（diag）的个数。

-WINDOW=n    :最佳诊断周围的窗口。

-PAIRGAP=n   :缺失的罚分

-SCORE       :百分比（PERCENT）或绝对（ABSOLUTE）

***慢速2序列比对：***

-PWMATRIX=    :蛋白质权重矩阵=BLOSUM、PAM、GONNET、ID或文件名（filename）

-PWDNAMATRIX= :DNA权重矩阵=IUB、CLUSTALW或文件名（filename）

-PWGAPOPEN=f  :缺失开放罚分（gap opening penalty ）

-PWGAPEXT=f   :缺失扩展罚分（原文为gap opening penalty ）

***多序列比对：***

-NEWTREE=      :新的导向树的文件名

-USETREE=      :旧的导向树的文件名

-MATRIX=       :蛋白质权重矩阵=BLOSUM、PAM、GONNET、ID或文件名（filename）

-DNAMATRIX=    :DNA权重矩阵=IUB、CLUSTALW或文件名（filename）

-GAPOPEN=f     :缺口开放罚分（gap opening penalty）

-GAPEXT=f      :缺口扩展罚分（gap extension penalty）

-ENDGAPS       :不终止的缺口的分割围栏（pen）。

-GAPDIST=n     :缺口分割围栏。范围

-NOPGAP        :关闭特定余数的缺口

-NOHGAP        :关闭亲水的缺口

-HGAPRESIDUES= :列出亲水事件（res）。

-MAXDIV=n      :针对延迟的一致性%

-TYPE=         :蛋白质（PROTEIN）或DNA

-TRANSWEIGHT=f :转换（transitions）权重

-ITERATION=    :无（NONE）或树（TREE）或比对（ALIGNMENT）

-NUMITER=n     :迭代的最大次数

-NOWEIGHTS     :禁用序列权重

***配置文件比对：***

-PROFILE      :通过配置文件比对来将2个比对融合在一起

-NEWTREE1=    :配置文件1的新导向树的文件名

-NEWTREE2=    :配置文件2 的新导向树的文件名

-USETREE1=    :配置文件1的 旧 导向树的文件名

-USETREE2=    :配置文件2 的旧导向树的文件名

***配置文件比对的序列：***

-SEQUENCES   :将配置文件2的序列串行化地附加到配置文件1的比对中

-NEWTREE=    :新导向树的文件名

-USETREE=    :旧导向树的文件名

***结构比对：***

-NOSECSTR1     :不要为配置文件1 来使用次要结构缺口罚分掩码

-NOSECSTR2     :不要为配置文件2来使用次要结构缺口罚分掩码

-SECSTROUT=STRUCTURE或MASK或BOTH或NONE   :比对文件中的输出

-HELIXGAP=n    :螺旋内核残余的缺口罚分（gap penalty for helix core residues）

-STRANDGAP=n   :单股内核残余的缺口罚分（gap penalty for strand core residues）

-LOOPGAP=n     :循环区域的缺口罚分

-TERMINALGAP=n :结构末端的缺口罚分

-HELIXENDIN=n  :螺旋中被当成末端的残余的个数

-HELIXENDOUT=n :螺旋外被当成末端的残基个数

-STRANDENDIN=n :单股内被当成末端的残基个数

-STRANDENDOUT=n:单股外被当成末端的残基个数

***树：***

-OUTPUTTREE=nj或phylip或dist或nexus

-SEED=n        :引导过程中的种子数值。

-KIMURA        :使用Kimura的校正。

-TOSSGAPS      :忽略有缺口的位置。

-BOOTLABELS=node或branch :在显示的树中引导值的位置

-CLUSTERING=   :NJ或UPGMA

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