TandemSWAN工具描述

原文: http://favorov.imb.ac.ru/swan/tool.html

TandemSWAN软件是使用C 语言编写的,也使用咯一些C++特性.

这个算法寻找具有以下特点的退化的串联重复序列:没有插入和删除情况,但是有很高的替换概率.它是这样工作的:计算重复序列的统计学意义,从而识别出重复单元的长度和重复的次数.

我们只考虑那些重复个数为整数并且大于2的重复结构.由于这个算法不查找那些周期小于3 的串联重复序列,所以它不探测像多个A 和TATA 这样的序列.

参考 TandemSWAN参数 、选项和输出 ,以了解关于程序的输入和输出的更多细节。

TandemSWAN 算法中的参数的完整信息和主要步骤，可在 TandemSWAN论文 找到。