BioPerl文档翻译：Bio::Tools::TandemRepeatsFinder

名字

Bio::Tools::TandemRepeatsFinder - 一个Tandem Repeats Finder输出文件的分析器

使用示例

#!/usr/bin/perl

use Bio::Tools::TandemRepeatsFinder; #Module to use the Tandem Repeats Finder

#创建分析器：

my $Parser=Bio::Tools::TandemRepeatsFinder->new(-file=>'TandemRepeats.out');

#在结果中循环：

while (my $Feature=$Parser->next_result)

{

  #输出源序列ID、开始位置、结束位置、匹配比例、一致序列：

  my ($PercentMatches)=$Feature->get_tag_values('percent_matches');

  my ($ConsensusSequence)=$Feature->get_tag_values('consensus_sequence');

  print $Feature->seq_id() . "t" . $Feature->start() . "t" . $Feature->end() . "t" . $PercentMatches . "t" . $ConsensusSequence . "n";

} //while (my $Feature=$Parser->next_result)

描述

一个Tandem Repeats Finder输出文件的分析器 。在版本 4.00 下编写及测试 。

位置 、序列ID和计分储存在属性中。其它的所有数据储存在标记里 。可用的标记有

period_size

copy_number

consensus_size

percent_matches

percent_indels

percent_a

percent_c

percent_g

percent_t

entropy

consensus_sequence

repeat_sequence

run_parameters

sequence_description

运行参数以以下的 键值 储存在一个哈希引用中 ：

match_weight

mismatch_weight

indel_weight

match_prob

indel_prob

min_score

max_period_size

附录

文档剩下的部分对每个对象方法进行细节描述 。

内部的方法通常在前面有一个_

new

标题: new

用法: my $obj = Bio::Tools::TandemRepeatsFinder->new();

功能: 构 建一个新的 Bio::Tools::TandemRepeatsFinder对象

返回: Bio::Tools::TandemRepeatsFinder

参数: -fh/-file => $val,对于初始化输入 ，参见 Bio::Root::IO

version

标题: version

用法: $self->version( $version )

功能: 获取 ／设置用来进行分析的 Tandem Repeats F inder 的版本

返回: 版本号的 值

参数: 新的 值（可选）

_current_seq_id

标题: _current_seq_id

用法: $self->_current_seq_id( $current_seq_id )

功能: 获取 ／设置 _current_seq_id

返回: _current_seq_id的 值

参数: 新的 值（可选）

_current_seq_description

标题: _current_seq_description

用法: $self->_current_seq_description( $current_seq_id )

功能: 获取 ／设置 _current_seq_description

返回: _current_seq_description的 值

参数: 新的 值（可选）

_current_parameters

标题: _current_parameters

用法: $self->_current_parameters( $parameters_hashref )

功能: 获取 ／设置 _current_parameters

返回: 表示从结果文件中分析出来的当前参数的哈希引用

: 键值包括

match_weight

mismatch_weight

indel_weight

match_prob

indel_prob

min_score

max_period_size

参数: 参数的哈希引用 （可选）

next_result

标题: next_result

用法: my $r = $trf->next_result()

功能: 从分析器数据中获取下一个结果

返回: Bio::SeqFeature::Generic

参数: 无

_create_feature

标题: _create_feature

用法: 'next_feature'使用的内部方法

功能: 从结果文件取出一行并且创建一个bioperl对象

返回: Bio::SeqFeature::Generic

参数: 无